İlçede yapılan yüzey araştırmalarında neolitik çağda en az 500 mağara olduğu belirtilmektedir. Mağara turizmi açısından önemli olan mağara kümeleri genellikle Harabeşehir ve Madavans akarsularında yer almaktadır. Bu mağaralar eski çağlardan beri farklı amaçlarla kullanılmış ve günümüze kadar gelmiştir. Ahlat, Doğu Anadolu'daki ilk yerleşim yerlerinden biri olduğu için bu mağaralar Neolitik Çağ'dan beri kullanılmaktadır. Bölgede meydana gelen şiddetli depremler, kuraklık nedeniyle sulak alanlara yerleşme ihtiyacı, savaş ve istilalar sonucu yerleşimlerin tahribi, sert iklim koşulları mağara yerleşimlerinin ortaya çıkmasında etkili olmuştur. Günümüzde Harabeşehir ilçelerinde çok sayıda mağara bulunmaktadır.

Ancak Eski Ahlat Kalesi’nin batı yönünden tahrip edilmesi ve yıkılması sonucu onlarca mağara yok olmuştur. Bu mağaralar kalenin mamur olduğu dönemlerde askeri mühimmat depoları ve soğuk hava depoları olarak kullanılmışlardır. İbrahim Kafesoğlu bu mağaralardan bazılarına kutsallık atfedildiğini ve içerilerinde ibadet yapıldığını yazıyorsa da bu durum mağaralara kutsallık atfedilmesinden değil bazı mağaraların ibadet mekanı olarak kullanılmasından kaynaklanmaktadır. Yapay mağaralar tek ve iki katlı oyuldukları gibi, bazıları ise galeri tarzında oluşturulmuş olup bu galerilerin nerelere kadar uzandığı henüz araştırılmamıştır. Mağaraların bazıları yanyana veya arka arkaya sıralanmış iki-üç odadan oluşmaktadır.